Торговельна система Фондової біржі ПФТС є комплексом організаційних, нормативних, програмно-апаратних та технічних рішень. Технологічно вона складається з «Ринку котировок» та «Ринку заявок». Також в ПФТС проводяться аукціони з продажу цінних паперів Фондом державного майна України, компаніями, що проводять первинне розміщення (IPO) власних цінних паперів, або навпаки, розпродають власні активи в цінних паперах.

До обігу в ПФТС допускаються акції, облігації внутрішніх та зовнішніх державних позик, облігації місцевих позик, облігації підприємств, казначейські зобов’язання України, ощадні сертифікати, інвестиційні сертифікати та інші види цінних паперів, випуск яких не заборонений чинним законодавством України.